23andme gentest og MTHFR

Jeg tok en gentest hos 23andme i 2009. Rådataene viser at jeg har ett MTHFR gen uten de to kjente “feilene” C677T og A1298C. Det andre MTHFR genet mitt har begge to.

23andme og hårtap før 40.

DNA er et kjent molekyl. Molekylet lagrer informasjon. Litt på samme måte som en harddisk kan lagre informasjon. Informasjon er en persons arvemateriale. Dette er oppskrifter på å lage kroppens egenskaper. I Norge har mange oppskriften på å lage proteinene som danner blå øyne. Eller brune øyne.

Mange har oppskriften på både blå og brune øyne – fordi vi har to DNA molekyler, ett fra far og ett fra mor. Hvert DNA molekyl er lagret i en spesiell geometrisk struktur – et kromosom. De to kromosomene er lagret sammen i et kromosompar i kjernen i hver celle i kroppen.

MTHFR genet koder ikke for synlige egenskaper, men blant annet for evnen til å avgifte miljøgifter vi får i oss.

RNA og DNA

RNA molekylet er et enklere molekyl enn DNA, men inneholder samme informasjon. RNA molekylet er en lang kjede av tusenvis av fire forskjellige byggesten molekyler: Adenosin (A), Thymin (T), Cytosin (C), Guanin (G). Disse fire kalles nukleotider. Informasjonen i RNA molekylet ligger i rekkefølgen på disse. Eksempelvis: AATCAATGGG er forskjellig fra AAACAATGGA. I en tenkt situasjon kan den første varianten kode for blå øyne, den andre for brune. Cellene i øynene kan bruke denne informasjonen lage blå eller brune øyne.

RNA er et langtstrakt molekyl som ligger i en spiralform. DNA er egentlig ett RNA molekylkjede pluss en backup spiral. De to kjedene er geometrisk som en dobbelt spiral der en og en nukleotid i den ene spiralen har en kjemisk binding til en nukleotid i den andre. En A i den ene kjeden vil alltid være bundet til en T i den andre. En C vil alltid være bundet til en G. Dersom man får en skade på DNA molekylet vil denne redundansen gjøre at molekylet kan repareres. I cellekjernene ligger derfor arvematerialet lagret som DNA, og ikke RNA. Når cellen vil bruke DNA til å lage proteiner, sendes en RNA kopi ut av cellekjernen til cellens proteingenererende strukturer.

Et barn mottar ett DNA molekyl fra far og ett fra mor. Dobbeltspiralen DNA er igjen lagret i 23 “hauger” – kromosomer. Eller egentlig – kromosompar. 23 par der hvert par består av en del av hvert av de to DNA molekylene. Hvert kromosom inneholder et sett med gener.

Det er egentlig litt misvisende å si at 23andme kartlegger DNA molekylet til kunden. 23andme kartlegger *begge* DNA molekylene til kunden. Både det som kunden fikk fra sin mor, og det som kunden fikk fra sin far.

Ett gen er et sett med nukleotider. Gener er egentlig “blueprints” – oppskrifter på hvordan kroppen eksempelvis lager blå øyne. Hvilke deler av DNA molekylet som brukes er avhengig av hvilke celler man betrakter. I øynene vil de delene av DNA’et som koder for proteiner her brukes mye.

Hvis far har blå øyne og mor har brune kan det skje at barnet får ett gen som koder for blå øyne, og ett som koder for brune. Hvilken øyenfarge får da barnet? Noen gener er dominante. Typisk øyenfarge. Noen kan man påvirke med livsstil (epigenetikk) – for eksempel evne til avgiftning.

Kartlegging av arvematerialet

Det er idag mulig å kartlegge ens eget arvemateriale. Mange firmaer tilbyr dette. Man sender inn en spyttprøve. Denne prøven inneholder kroppens komplette arvemateriale og er tilstrekkelig til at “DNA profilen” kan lages.

En persons arvemateriale kart vil si å få tilsendt den komplette nukleotide sekvensen av A, T, C og G fra *begge* RNA molekylene (DNA molekylene). For eksempel: AATCAATGGGTTATCCG… som kunden fikk fra sin mor, pluss ATTCAAGGGGTAATCCC… som kunden fikk fra sin far.

Jeg, og samboeren min på det tidspunktet, gjorde DNA analyser hos 23andme høsten 2009. (På dette tidspunktet var jeg iferd med å forstå at jeg ikke var frisk. Et par måneder før 23andme tok vi hårmineralanalyse som viste at jeg hadde et kvikksølvproblem, samt mange næringsstoff problemer inkludert magnesium.)

Resultatene man får er på to nivåer:

  • Unøyaktige fun-facts om egenskaper og geografisk opphav. Dette er de “offisielle” resultatene. Hos meg står det for eksempel at jeg sannsynligvis ikke har hår på ryggen (feil, jeg har hår på ryggen). Og at jeg ikke har smilehull (riktig). 23andme skriver dette utifra gjeldende kunnskap om betydnigen av forskjellige gener. Noe er tildelse kjent, og da tar de det med, mye er uklart og da er det ikke med. De tar heller ikke med kreftgener og andre dårlige nyheter de mener vi bør skjermes for.
  • Rådataene. De eksakte nukleotide sekvensene. Dette er testens virkelige verdi. Men ikke så lett tilgjengelig. For å få noe ut av slike gentester må man sette seg ned og lære det grunnleggende.

Fun fact: hårtap

Mange av fun-factsene går på hår. Jeg får blant annet vite:

  • Early hair loss: Likely no hair loss. (FEIL)
  • Bald spot: likely no bald spot. (FEIL)

Jeg begynte å miste hår da jeg var rundt 32 år. På farssiden av familien har alle hår som 16-åringer. Og jeg likner på dem i ansiktet. Så har alltid lurt litt på hvorfor jeg begynte å miste hår. Selv genene mine tilsier altså at jeg ikke skulle miste hår. Jeg tror det har å gjøre med kvikksølv forgiftning og de andre tingene, som jeg skriver om på denne bloggen. Hårtap er et av mange symptomer på kvikksølvforgiftning. Se bilder av meg nedenfor.

Her er noen flere fun facts:

23andme og genetisk helse, side1, utdrag1.
23andme og genetisk helse, side1, utdrag1.

Rådata

Nedenfor er et lite utdrag fra mine rådata.

Et gen består som sagt av et sett nukleotider. Innen ett gen er det noen få nukleotider som ofte varierer fra person til person. Disse kalles alleler av genet (varianter). Den versjonen av genet som de fleste har kalles genets “wild type”. Og så har man noen vanlige variasjoner, som kalles alleler.

Rådataene fra 23andme er ikke alle nukleotidene. Ikke alle posisjonene vises. Filen med rådataene hadde 546562 linjer. Dette er altså antall posisjoner som er med. Uklart hvordan disse er valgt ut. De har sikkert inkludert alle posisjoner med kjente genetiske variasjoner. Fra tabellen ser vi at første nukleotide som er med er posisjon 752566. Mens siste kjønns nukleotide er posisjon over 59 millioner.

rsidchromosomepositiongenotype
Første:
rs3094315
1752566AG
rs393483411005806TT
rs944237211018704AA
Siste vanlig:
rs2285395
2251178090GG
Kjønns fra begge (?) rs4933045X294201CT
Kjønns fra mor:
rs5939319
X2700157G
Kjønns fra far:
rs11575897
Y2655180G
Siste kjønns rs2334083Y59032331C
Første mitokondrial DNA (fra mor)
i4001200
MT3T
Siste mito i3001931MT16547C
  • Position i tabellen angir nukleotide posisjon referert til et referanse menneskelig genom. Her er altså DNA molekylet “rullet ut” og man har nummerert hvert eneste byggesten (nukelotid) i molekylet.
  • Chromosome angir hvilket kromosom genet er del av.
  • rsid er en 23andme referanseid. Uklart hvorfor de behøver referanseid når de har position.
  • Genotyp angir verdien til begge nukleotidene, både den man fikk fra mor, og den fra far: genotype call oriented with respect to the plus strand on the human reference sequence. We are using reference human assembly build 37 (also known as Annotation Release 104).

Tolkningen av genotyp:

  • Hvis de to bokstavene er like, betyr det at DNA molekylet fra mor og far er identisk her. Hvis begge disse er “wild” varianten er det bra. Hvis begge er en allele, er det ofte ikke så bra (men det kan være bra – noen alleler har mange bra egenskaper).
  • Hvis de to bokstavene ikke er like, har man både den vanlige “wild” varianten, og en allele. Hvis allelen ikke er bra kan det hende man bør ha et livsstilfokus på å aktivere “wild” varianten slik at den vil dominere.
  • Når det står AG betyr det at den ene nukleotiden inneholder A og den andre inneholder G. Da vet vi at den første er A-T fordi A binder seg bare til T. Og den andre er G-C fordi G binder seg bare til C.

Oppdatering 24/8-2020: If you are able to find the corresponding rsID for the mutation of interest, you can see if this SNP is included on our platform using the Browse Raw Data feature here. Eks COMT, valine to methionine mutation at position 158 (Val158Met) rs4680. Jeg har A/G på rs4680.

Min MTHR

MTHR er et viktig gen med mange funksjoner i kroppen

  • MTHFR produserer et enzym som gjør at homocystein (en aminosyre) omdannes metionin (en annen aminosyre) og methylfolat (en bioaktiv form for vitamin B9).
  • MTHFR bidrar til dannelse av glutathione. Dette er kroppens viktigste stoff for avgiftning. Glutathione fjerner tungmetaller og andre gifter fra kroppen.

MTHFR har to kjente alleler:

  • C667T
  • A1298C

Når det står C667T betyr det: 667 er posisjonen til nukleotiden innen genet. C er “wild” varianten. Allelen oppstår når C er byttet ut med T.

Notasjonen 667CC er når man har wild varianten i begge kromosomene. Dette er regnet for å være den beste varianten.

Notasjonen 667CT betyr at man har wild varianten i det ene kromosomte, og allelen i det andre. Ofte er avgiftning ikke like effektiv her. På den annen side – man har ihvertfall informasjonen og kanskje kan man ved livsstil få wild varianten til å være den aktive. Hvis allelen også har bra egenskaper – kanskje kan man også aktivere disse? Best of both worlds.

Notasjonen 667TT er når man har allelen i begge kromosomene. Dette kan være uheldig fordi da har man (muligens) ikke koden til å produsere viktige stoffer kroppen behøver.

Fra mine rådata:

rsidchromosomepositiongenotypeKommentar
rs1801131111854476GTA1298C
rs1801133111856378AGC677T
  • På begge disse kjente stedene i MTHFR har jeg et avvik. Ingen av disse to stedene har wild varianten i begge mine kromosomer. Det som vanligvis skjer da er at kroppen har litt dårligere evne til å avgifte enn for de som har wild varianten begge steder. Så da må man anstrenge seg litt mer for å leve sunt og rent.
  • Ingen av de to stedene har allele i begge kromosomene. Så det er bra. Jeg innehar all informasjon for å lage glutathione etc, det er bare snakk om å aktivere den riktige varianten av genet.
  • Har jeg en feil i hvert kromosom, eller et “perfekt” kromosom og ett med to feil? A1298C går galt når A blir til C. A binder seg med T, C binder seg med G. Jeg har GT. A og T er derfor bra. C og G er ikke bra. Mitt “første” DNA molekyl har feilen, det andre er riktig. hva så med C677T. Det går galt når C blir til T. C binder seg til G, begge disse er bra. T binder seg til A, begge disse er allelen. Jeg har AG. Det først DNA molekylet er altså en allele, det andre er “perfekt”. Konklusjon: jeg har et kromosom med to MTHFR alleler. Og ett som er “perfekt” – uten noen av disse to allelene.
  • Hvis man skal ha to feil så er det bedre å ha feil på to forskjellige steder, enn samme feil i begge kromosomene! Fordi da har man tross alt all informasjonen (alle oppskriftene) lagret. C677T and A1298C Polymorphisms of the Methylenetetrahydrofolate Reductase Gene: Incidence and Effect of Combined Genotypes on Plasma Fasting and Post-Methionine Load Homocysteine in Vascular Disease.

Litt om mor og far

Jeg har ett “perfekt” MTHFR – uten noen av de to kjente feilene. Mens det andre har begge to. Det betyr at fra en av mine foreldre fikk jeg et “feilfritt” MTHFR mens fra den andre foreldren fikk jeg ett med dobbel feil.

Kanskje moren min hadde en haug med feil på i sine MTHFR gener og at det var hun som ga meg det med dobbel feil. Og at hennes MTHFR defekter bidro til at hun døde så tidlig (da jeg var 8, av lungekreft)?

Faren min lever idag i beste velgående (såvidt jeg vet, vi har ikke kontakt, men jeg vet han lever, han bor i Moss og jeg hadde fått beskjed om han var død). Kanskje han har gode MTHFR og at det hjelper?

I was diagnosed with heterozygous MTHFR mutations C677T and A1298C. Did I inherit this from one or both parents and could I have passed it on to my children? Begge mutasjonene oppsto spontant i to forskjellige individer. De føres så videre til deres barn. Når to personer der begge mutasjonene er tilstede får barn, kan barnet ende opp med begge. Sentralt for å forstå mekanismene i dette er hvordan barnets gener dannes fra foreldrenes. Det er ikke så enkelt at barnet bare får ett DNA molekyl fra mor og ett fra far. Det skjer en mixing på gennivå, og muligens SNP nivå, underveis. Jeg mangler litt kunnskap rundt dette foreløpit så det får bli til en annen bloggpost.

Homocystein og MTHFR

På siste blodprøvene jeg tok, for utredning av stoffskifte, hadde jeg homocystein litt høyere enn optimalt. En årsak til dette kan være variasjonen jeg har i MTHFR. Ved hjelp av informasjonen i MTHFR genet produserer kroppen et enzym som omgjør aminosyren homocystein til methionin og biotilgjengelig vitamin B9. Når denne prosessen ikke går optimalt vil det hope seg opp homocystein.

Takk til lege Joakim Iversen som påpekte dette.

To foreldre til ett barn

Et menneske A har DNA lagret i 23 kromosompar. Et par fra A’s mor, ett par fra A’s far. Ett menneske har altså to stykk av genet som koder for øyenfarge. Kanskje koder den ene varianten for blå, og den andre for brun.

Anta en mann A og en kvinne B skal bli foreldre til C. A og B sender hvert sitt DNA molekyl til C. Som her altså vil lagres parvis, i kromosomer. Hvordan lages DNA molekylet som A sender til C? Det lages i en tilfeldig prosess der A sine to kromosomer (to DNA molekyler) settes sammen til ett enkelt DNA molekyl. DNA molekylet far sender videre til avkommet er altså mix-and-match fra far sine to DNA molekyler. Som så kombineres med et tilsvarende DNA molekyl fra mor. Disse to DNA molekylene inneholder oppskriften på C. De utgjør C sine 23 kromosompar.

På denne måten kan C arve egenskaper ikke bare fra foreldrene men også fra tidligere generasjoner. Den tilfeldige prosessen som danner ett DNA molekyl fra ett kromosompar gjør at søsken har forskjellige arveegenskaper.

En person har unike egenskaper fra (minst) to prosesser:

  • mix-and-match der to DNA molekyler blir til ett hos hver av foreldrene.
  • genforandringer som oppstår underveis i personens liv. Her er det ihvertfall to mekanismer – genmutasjoner og epigenetikk.

Et DNA molekyl inneholder millioner av nukelotidepar koplet i serie. Ett gen består av mange nukleotider. Ett gen er til en viss grad en menneskedefinert enhet. Det er definert ut ifra at man antar ett sett nukleotider definerer en bestemt egenskap hos mennesker. For eksempel øyenfarge. Det er mer og mer uklart om dette er en riktig måte å betrakte kroppens virkemåte. Eksempelvis vil gener ofte påvirke hverandre. Og egenskaper vil dannes på bakgrunn av flere gener, ofte plassert langt fra hverandre i DNA molekylet.

DNA inneholder omtrent 20 000 proteinproduserende gener. DNA inneholder også annen informasjon hvis funksjon ikke er kjent enda.

Mitt Føllingsgen fenylketonuri

Føllings sykdom (fenylketonuri, phenylketonuria) er en manglende evne i leveren til å produsere enzymet fenylalanin hydroxylase, som omdanner aminosyren fenylalanin til tyrosin. Hvis vi får i oss mye fenylalanin fra mat vil det hope seg opp med fenylalanin i blodet. Dette er alvorlig og kan føre til hjerneskade. De som har dette genet fra både mor og far må gå på en livslang diett som inneholder veldig lite fenylalanin.

Føllingsgenet har noe til felles med MTHFR i at også her er resultatet av en variasjon at en aminosyre ikke omdannes og hoper seg opp. Konsekvensen av dette igjen er ikke like akutt med MTHFR som med Føllingsgenet.

Fra min 23andme:

rs5030858, 12, 103234271, GG (Also known as Arg408Trp or R408W)

Føllingsgenet er rs5030858 og er på kromosom 12. Jeg har GG. Det betyr at jeg har en frisk variant både fra mor og far. Jeg er ikke bærer på et dårlig Føllings gen. Selv om jeg får barn med en dame som har Føllings variasjonen i ett eller begge sine DNA molekyler, vil ikke vårt avkom få Føllings sykdom (men avkommet vil kunne bli bærer av variasjonen).

Portrett 1. juli 2007. Her har jeg mistet hår i noen år.
Portrett 1. juli 2007. Her har jeg mistet hår i noen år. Jeg kjøpte min første Minoxidil på ebay 7. mai 2007. Så dette bildet er før jeg begynte med medisiner for å begrense hårtap. Jeg tok Propecia (en pille, resept) og Minoxidil (en løsning man tar på hodebunnen med en pipette, morgen og kveld) i flere år, helt til 2010. Det fungerte faktisk. Spesielt Minoxidil. Men Minoxidil var et søl fordi det var lett å få i øynene når man tok det på hodet. Det var meget ubehagelig. Jeg sluttet med disse medisinene fordi Minoxidil var et søl. Og fordi jeg var ikke lenger så opptatt av hår – litt fordi viktigere helseproblemer dukket opp og sikkert også fordi man går etterhvert bort fra å være veldig opptatt av hår.
Portrett 22. desember 2007. Her har jeg altså brukt Propecia og Minoxidil i omtrent et halvt år. Det fungerte!
Portrett 22. desember 2007. Her har jeg altså brukt Propecia og Minoxidil i omtrent et halvt år. Det fungerte!
Portrett 11. juli 2013. Fylt 41 år for to måneder siden. Jeg har alltid sett ung ut for alderen, "babyface".
Portrett 11. juli 2013. Fylt 41 år for to måneder siden. Jeg har alltid sett ung ut for alderen, “babyface”.
Portrett 11. juli 2013. Fylt 41 år for to måneder siden. Jeg begynte å miste hår da jeg var 32.
Portrett 11. juli 2013. Fylt 41 år for to måneder siden. Jeg begynte å miste hår da jeg var 32. Stort sett ingen andre på farssiden av slekten har mistet hår. Jeg tror mitt hårtap har å gjøre med tungmetall forgiftning og relaterte omstendigheter. Men er ikke sikker. Jeg brukte finasteride tabletter (Propecia) og minoxidil fordi jeg ble ganske desperat de første årene etter at hårtapet satte inn. Spesielt minoxidil fungerte bra. Jeg sluttet med det etter at jeg flyttet ut fra Oslo, rundt 2010.
23andme og genetisk helse, side1.
23andme og genetisk helse, side1.
23andme og genetisk helse, side1.
23andme og genetisk helse, side1.

Spørsmål1: kan man være heterozygous i både C677T og A1298C på samme kromosom?

I am heterozygous in both C677T and A1298C. Both alleles are one the same DNA molecule. If I understand my rawdata correctly. One of my parents gave me a DNA with both errors. My other parent gave me a DNA with none of the errors. I did my 23andme test in 2009. The rawdata states:

  • C677T: rs1801133, 1, 11856378, AG
  • A1298C: rs1801131, 1, 11854476, GT

We all have two DNA molecules, one from mother and one from father. The two DNA molecules are geometrically stored in the cell nucleus side-by-side (so in a pair) and into 23 “heaps” – chromosomes. So we can say we have 23 chromosome pairs.

A DNA molecule consists of two nucleotide strands. Each strand is a chain of nucleotides. A nucleotide is a special molecule, that comes in 4 different versions, A, C, G and T. The two DNA strands are linked at each nucleotide. A always links to T, C always links to G.

Lets look at my C677T gene. 23andme say that I am AG. AG does not refer to the two strands of one DNA molecule. It refers to the two DNA molecules.

So I am A in my “first” DNA molecule. Because A always binds to T, you could equally well say that I am T. The notation would depend on wether you read the two nucleotide strands “left-to-right” or “right-to-left”. I am not sure how you define this direction. In the raw data report 23andme say they determine the “genotype call oriented with respect to the plus strand on the human reference sequence.”

The notation C677T means that C is normal and T is the error (allele). I think this notation is with respect to the minus strand – so opposite of 23andme. If 23andme used the same reference strand, I would be TC. Which means that my “first” DNA molecule has the error – it is T and not C.
Lets look at my A1298C. 23andme says I am GT. Reading with respect to the minus strand would mean I am CA. Which means that again my first DNA molecule has the error – because it is C and not A.

To sum it up – my first DNA molecule has both errors. My second DNA molecule has none. In other words – one of my parents gave me a DNA molecule with both the MTHFR errors. My other parents gave me a “perfect” DNA molecule with none of these two MTHFR errors.

Is thos interpretation correct?

Is it possible to know from which parent my double-MTHFR-error DNA molecule comes from? Grateful for any insights.

Spørsmål2:

In this ancestrydna webpage it says: “The letters present (A, C, G, T) are called alleles, and the pair of alleles observed at an SNP is called the genotype. Since each site has only two possible alleles, each SNP has three possible genotypes. For example, if an SNP contains either C (cytosine) or A (adenine), then the possible genotypes are C C, A A, or A C (¨A C¨ is the same as ¨C A¨).”

What does this mean?

There are two DNA molecules. Each DNA molecule is read on the forward strand. The forward strand of one DNA molecule (from lets say the mother) could contain A, C, G or T at a certain position. The value on the forward strand determines the value on the reverse strand. But not on the other DNA molecule (from father). On the other DNA molecule the forward strand could also be A, C, G or T. So at a specific site the two DNA molecules could be AA (both forward strands are A), AC (mothers forward strand is A, fathers forward strand is C), AG, AT, CA, CC.. and so on. A total of 16 different possibilities.

I understand that this point of view is not correct. Could somebody please explain this?

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *